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土壤有酸堿之分，有機菌肥也有pH值，菌又有真菌、細菌之分。中性和微酸性土壤宜施細菌性有機菌肥，堿性土壤宜施絲狀微生物的藻類有機菌肥，施用后能固定空氣中的氮，幫助作物利用以其他狀態(tài)存在的氮素養(yǎng)分。酸性土壤施了堿性有機菌肥，酸堿中和降低了肥效，也使菌種受到傷害。有些菌是需氧性很強的菌種，如放線菌、霉菌類等，含有這類菌種的菌肥施在板結、透氣性差的土壤中，別說發(fā)酵繁殖，菌種本身都難以成活，施肥效果可想而知。

土壤理化性狀惡化

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菌肥中的菌種賴以生存的條件是有機質，但當前80%以上的果園、大田、菜地等都在施用無機化肥，土壤板結透氣性差，使得一些厭氣菌大量繁殖，如鐮刀菌、齊整小核菌等。更嚴重的是有機肥極度缺乏破壞了土壤的團粒結構，降低了土壤的保肥保水能力。果農施商品有機菌肥一般每畝都在40公斤左右，有機質很快被分解利用，有機肥中的菌種失去賴以生存的條件，不能繁衍生存，大部分死亡，這也是果農在施用商品有機菌肥中發(fā)現的地厚施有機菌肥有作用而地薄無作用的道理。